三皇庙设于太医院内，为祭祀神医之庙。嘉靖二十一年（1542），明世宗下诏修三皇庙，并重新厘定祀典正位。三皇神位为伏羲、神农、皇帝，配位为勾芒、祝融、风后、力牧，从祀者除贷、季天师、岐伯、鬼叟、区俞、附少、俞少师、桐君、太乙雷公、马师皇十人外。